주식 20%를 더 샀는데 취득세는 60% 기준? 과점주주 간주취득세의 판단 순서

1. 문제 제기

비상장회사 지분 40%를 가진 주주가 다른 주주의 지분 20%를 매수합니다. 회사 명의 부동산은 그대로인데, 주주에게 취득세가 발생할 수 있습니다. 일정 요건을 충족해 처음 과점주주가 된다면 새로 산 20%가 아니라 취득 후 보유한 60%를 기준으로 계산하기 때문입니다.

동업자의 지분을 인수하거나 가족 간 지분을 정리하는 대표자·재무담당자라면, 주식 매매대금과 별도로 이 세금을 검토해야 합니다. “주식만 거래했으니 부동산 취득세와 무관하다”는 생각이 예상하지 못한 현금 유출로 이어질 수 있습니다.

이번 글에서는 최초 진입과 추가 취득의 차이, 과세표준에 사용할 자산가액, 평가충당금 관련 대법원 판결을 차례로 살펴봅니다. 숫자는 이해를 위한 가정이며, 법령은 2026년 10월 28일 확인한 내용을 기준으로 설명합니다.

2. 핵심 개념

주식 취득이 법인 재산의 취득으로 이어지는 구조

지방세법 제7조 제5항은 주식·지분 취득으로 일정한 과점주주가 되면 그 주주가 법인의 부동산 등을 취득한 것으로 봅니다. 명의 이전이 없더라도 법인 재산에 대한 실질적인 지배력이 생기는 점을 포착한 제도입니다.

기본적인 출발점은 주주 1명과 관련 특수관계인의 지분을 합쳐 50%를 초과하고 그 권리를 실질적으로 행사하는지입니다. 정확히 50%인 경우와 50%를 초과한 경우는 구별해야 합니다. 취득세에서는 지방세법 시행령 제10조의2가 정한 과점주주의 범위를 별도로 확인해야 하므로, 세목이 다른 특수관계인 목록을 그대로 가져와서는 안 됩니다.

이 글은 비상장법인의 일반적인 유상 주식 취득을 전제로 합니다. 법인설립 시 발행한 주식 취득으로 과점주주가 되는 경우에는 법 제7조 제5항의 예외가 있습니다. 단순 지분율 계산에 앞서 거래의 종류와 적용대상부터 확인해야 하는 이유입니다.

재무상태표의 총자산을 그대로 곱하지 않는다

지방세법 제10조의6 제4항은 결산서와 그 밖의 장부 등에 따른 부동산 등 과세대상 물건의 총가액을 기초로 계산하도록 정합니다. 현금·매출채권까지 포함한 재무상태표 총자산에 지분율을 바로 곱하는 접근은 맞지 않습니다.

실무에서는 먼저 과세대상 물건 목록을 만들고, 해당 취득일에 존재하는 자산과 가액을 연결해야 합니다. 연말 재무제표만 볼 것이 아니라 취득일과 결산일 사이 취득·처분·계정 변동도 대조하는 방식이 유용합니다. 이는 법령 구조에 근거한 실무 제안입니다.

과세범위를 정하는 지분율과, 그 지분율을 곱할 자산가액은 서로 다른 판단입니다.

3. 숫자 사례와 조건 비교

다음 표는 원문의 수치·조건을 정리하거나 계산 구조를 설명한 예시입니다. 실제 고객의 정보가 아닙니다.

최초 진입은 전체 비율, 이후에는 증가분을 확인한다

최초로 과점주주가 되면 그날 보유한 주식 전체를 기준으로 취득세를 계산합니다. 반면 이미 과점주주인 상태에서 지분을 늘리는 경우에는 증가분이 대상입니다. 증가 후 비율이 과거 최고비율을 넘지 않는 경우에는 시행령 제11조 제2항 단서에 따라 취득세를 부과하지 않습니다.

아래는 과세대상 자산가액을 100억원으로 고정한 단순 비교입니다. 동일한 과점주주 집단을 전제하고 다른 적용 제외·감면은 없다고 가정했습니다. 65%에서 70%로 늘어나는 사례는 종전 최고비율이 65%인 경우입니다.

40%에서 60%가 되는 경우 과세표준은 100억원 × 60% = 60억원입니다. 65%에서 70%가 되는 경우에는 100억원 × 5% = 5억원입니다. 60억원·5억원은 납부할 세액이 아니라 세율을 곱하기 전 과세표준입니다.

주식을 얼마에 샀는지와 이 계산의 기초가 되는 법인 자산가액도 별개입니다. 거래가격이 낮다고 간주취득세 과세표준까지 자동으로 작아지는 것은 아닙니다. 과점주주 지위를 상실했다가 다시 취득한 경우에는 시행령 제11조 제3항을 따로 적용해야 합니다.

4. 판단

최초 진입인지 추가 취득인지 확인한 뒤 지분율과 과세대상 자산가액을 각각 검증합니다.

평가충당금을 뺐다고 과세표준도 줄어들까

대법원 2026. 8. 12. 선고 2026두30758 판결에서는 납세자가 부동산 취득원가를 기준으로 신고한 뒤, 평가충당금을 차감한 장부가액으로 과세표준을 낮춰 달라고 경정청구했습니다. 대법원은 상고를 기각했습니다.

여기서 기억해야 할 것은 패소 결과보다 판단 이유입니다. 대법원은 장부를 기초로 산정할 때 취득의제 당시의 장부가액을 기준으로 삼되, 장부가액이 실제 취득가격에 부합하는지와 무관하게 무조건 인정되는 것은 아니라고 설명했습니다. 이 사건 평가충당금에는 산정의 적정성을 뒷받침할 객관적인 자료와 근거가 부족했습니다.

따라서 “한 번 신고한 금액은 수정할 수 없다”거나 “평가충당금은 언제나 차감할 수 없다”는 결론으로 확대하면 곤란합니다. 반대로 회계상 충당금이 계상돼 있다는 사실만으로 세법상 차감이 인정되는 것도 아닙니다. 어떤 자산에 대해 어떤 시점의 자료로 얼마를 산정했는지 설명할 수 있어야 합니다.

현행법과 판례 적용법령을 구분합니다

이 판결은 구 지방세법 제10조 제4항 등을 적용한 사건입니다. 현재 과점주주 취득당시가액의 직접 근거는 제10조의6 제4항입니다. 과거 사건의 결론을 새 거래에 적용할 때에는 취득일 당시 법령과 사실관계를 다시 대조해야 합니다.

5. 근거와 확인 범위

관련 기준·법령: 지방세법 제7조 제5항; 지방세법 시행령 제10조의2; 지방세법 시행령 제11조; 지방세법 제10조의6 제4항; 지방세법 제10조 제4항; 지방세법 제20조 제1항; 지방세기본법 제46조 제2호.

6. 실무 체크포인트

거래 전 검토는 세액과 증빙을 함께 설계한다

Collabo의 관점에서 이 제도의 검토는 예상세액을 계산하는 데서 끝나지 않습니다. 지분 이력과 자산가액을 수년 뒤에도 같은 자료로 설명할 수 있도록 거래 시점에 증빙을 묶어 두는 일이 중요합니다.

지분 검토에서는 취득 전후 주주명부, 특수관계인 연결, 과거 지분 변동을 하나의 연표로 정리합니다. 자산 검토에서는 과세물건 목록을 총계정원장·보조부·최초 취득 증빙과 연결합니다. 평가 조정을 주장하려면 산정 근거와 기준시점도 함께 남깁니다.

사후 검증에서는 “왜 이 지분율인가”, “왜 이 자산을 포함하거나 제외했는가”, “왜 이 가액을 사용했는가”가 쟁점이 될 수 있습니다. 예상 반론을 먼저 적고 그에 대응할 자료를 확보하면 계산 조서의 빈틈을 거래 전에 발견할 수 있습니다.

일반적인 유상 취득의 취득세 신고·납부기한은 지방세법 제20조 제1항에 따라 취득일부터 60일 이내입니다. 거래별 취득시기를 확정하고, 자산 소재지별 관할과 신고 담당자를 정해 관리해야 합니다. 무상취득 등 다른 유형의 기한은 별도 확인이 필요합니다.

주식 매매계약 전에 확인할 질문

이번 거래로 처음 과점주주가 되는가, 기존 과점주주의 지분이 늘어나는가? 적용할 특수관계인의 범위와 과거 최고비율은 확인됐는가? 취득일의 과세대상 자산가액을 장부와 증빙으로 설명할 수 있는가? 이 세 질문에 답한 뒤 세율·감면·중과 등 개별 요소를 반영해 최종 부담을 계산하는 순서가 합리적입니다.

주식 매매대금만으로 인수 비용을 판단하면 놓치는 세금이 생길 수 있습니다. 거래를 실행하기 전에 지분의 이력과 자산의 근거를 함께 확인하는 것이 과점주주 간주취득세 검토의 출발점입니다.

7. 정리

최초 진입인지 추가 취득인지 확인한 뒤 지분율과 과세대상 자산가액을 각각 검증합니다.

8. 참고자료 및 출처

원자료
한국공인회계사회 「공인회계사 저널」 제381호(2026년 10월), 이유정, 「과점주주 간주취득세」, 44~45쪽. 제도와 쟁점의 출발점으로 참고했으며 원문을 전재하지 않았습니다.

별도 확인한 공식근거 · 확인일 2026.10.28.
지방세법 제7조 제5항, 제10조의6 제4항, 제20조 제1항
지방세법 시행령 제10조의2, 제11조
지방세기본법 제46조 제2호(과점주주 요건)
대법원 2026.8.12. 선고 2026두30758 판결 — 구법 적용 사건, 상고기각.

작성자의 해석과 제작
100억원 사례, 판단 순서, 증빙 준비모델은 Collabo의 설명·실무 제안입니다. 본문 도표는 위 법령·판례를 바탕으로 직접 제작했습니다. 대표 이미지는 AI로 생성했습니다.